Program Magister Keperawatan di Sekolah Ilmu Kesehatan Sint Carolus merupakan program pascasarjana yang dirancang untuk memajukan pengetahuan dan keterampilan perawat untuk peluang karier yang lebih luas dan praktik tingkat lanjut. Program ini menawarkan 2(dua) peminatan yaitu kepemimpinan dan manajemen keperawatan serta keperawatan medis bedah. Program ini terdiri dari 54 unit mata kuliah dengan tugas akhir tesis. Program ini dilaksanakan dalam 3 (tiga) semester mulai September-Januari (semester ganjil); Maret-Juli (semester genap). Program Magister Keperawatan STIK Sibt Carolus mendapatkan status akreditasi tertinggi (A) atau UNGGUL dari Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan.